Teaching
Cours
3ᵉannée
4ᵉannée
5ᵉannée
Quelques informations générales
🦋 Systèmes dynamiques pour la biologie
J’enseigne dans le programme Biotechnologie et Bioinformatique à l’INSA Lyon, avec un axe prioritaire sur:
- 📊 Les mathématiques pour la modélisation biologique
- 🔄 Les systèmes dynamiques
- 🧬 Les modèles mécanistes des systèmes biologiques
- 💻 Les méthodes de simulation numérique (EDO / EDP)
Mon approche établit un lien étroit entre la théorie mathématique et les applications pratiques, en travaillant fréquemment sur des données biologiques réelles dans des domaines variés: écologie, pharmacologie, épidémiologie, immunologie, oncologie, neurosciences, entre autres.
Je contribue également à l’enseignement des méthodes quantitatives, en collaboration avec mes collègues en mathématiques, informatique et statistiques. Dans les années à venir, je prendrai la coordination des enseignements de mathématiques du programme, en développant des innovations pédagogiques à l’interface entre biologie et mathématiques.
🎓 Mon approche pédagogique – à la Polya (How to Solve It)
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📌 Comprendre le problème
Objectif pour l’étudiant: savoir formuler une question biologique de façon opérationnelle. -
🛠 Élaborer un plan
Apprendre à faire des choix de modélisation pertinents, en conciliant précision et faisabilité. -
🚀 Exécuter le plan
Savoir mobiliser les outils mathématiques et informatiques pour faire « vivre » un modèle. -
🔍 Regardez en arrière et réfléchissez
Développer l’esprit critique et l’intuition scientifique. Comprendre que la modélisation est un processus itératif.
⚠️ Mon avis sur l’utilisation de l’Intelligence Artificielle
Je considère que la curiosité, la créativité et l’usage réfléchi des nouvelles technologies —
y compris l’intelligence artificielle générative (IA) — peuvent enrichir nos processus
d’apprentissage et de recherche.
💡 Vous pouvez utiliser l’IA pour :
- Explorer des idées et formuler des hypothèses.
- Améliorer la rédaction et la clarté de vos textes.
- Déboguer et documenter votre code.
✅ Mes conditions sont simples :
- Indiquez l’outil utilisé et la date d’utilisation.
- Assurez-vous de comprendre et de pouvoir expliquer tout ce que vous présentez.
- Utilisez l’IA comme un tremplin pour votre réflexion, pas comme un substitut.
🚀 Mon objectif : que l’IA soit un levier pour mieux comprendre, modéliser
et résoudre des problèmes complexes en biotechnologie et bioinformatique.
📊 Bioinformatique & Biologie computationnelle
La distinction entre bioinformatique et biologie computationnelle est subtile mais essentielle.
🧬+💻 Bioinformatique:
centrée sur le développement d’outils informatiques, d’algorithmes et de bases de données pour gérer et analyser de grands volumes de données biologiques, notamment issus des sciences omiques (génomique, transcriptomique, protéomique). Elle fournit l’infrastructure numérique pour le stockage, le traitement et l’exploration des données.
🔬+⚙️ Biologie computationnelle:
davantage orientée vers le modélisation mathématique et la simulation des processus biologiques. Elle vise à comprendre les mécanismes sous-jacents des systèmes vivants à travers des équations, des modèles dynamiques et des approches mécanistes.
Mon rôle s’inscrit dans cette seconde perspective: développer et enseigner des modèles computationnels permettant de relier données expérimentales, hypothèses mécanistes et prédictions quantitatives, à l’interface entre les mathématiques appliquées, la physique et la biologie moderne.